2199 yılında, insanlık yok olmanın eşiğine gelmiştir. Bunun sebebi ise Gamilas adındaki korkunç bir uzaylı ırkının, Dünya'yı ele geçirmek için başlattığı amansız savaştır. İnsanlığın kurtuluş umudu ise çok uzakta, Iskandar adındaki bir gezegende yatmaktadır. Bu tehlikeli yolculuğu gerçekleştirebilecek tek savaş gemisi ise efsanevi Yamato'dur. Yamato, yıkıcı gücüyle bilinen Wave Motion Cannon silahıyla donatılmıştır. Bu gemiyi komuta eden ise deneyimli kaptan Juzo Okita'dır. Yamato'nun cesur mürettebatı, uzayın karanlık derinliklerine doğru zorlu bir yolculuğa çıkarlar. Her adımda Gamilas tarafından saldırıya uğrarlar, fakat düşmüş bir kahraman olan Susumu Kodai ve usta pilot Yuki Moro, dünyanın geleceği için yan yana savaşmaya devam ederler. Bu genç aşıklar birlikte Iskandar'ın sırlarını ortaya çıkarırken, karşılaşacakları dehşet verici yolculuk dünyalarını sonsuza dek değiştirecektir. Film, izleyicileri bilim kurgu evreninde sürükleyici bir maceraya davet ederken, uzayın bilinmeyen köşelerinde savaşın acımasız yüzünü gözler önüne seriyor. Yamato'nun mürettebatının bu destansı mücadelesi izleyicileri derin bir heyecana sürükleyecek.