Bir lise öğrencisi olan Kei Nagai, sıradan bir hayat sürerken bir gün inanılmaz bir keşifle sarsılır; aslında o bir Ajin'dir, yani ölümsüz ve insandışı güçlere sahip bir yarı insandır. Bu gerçeği öğrendiğinde, hayatı tamamen altüst olur. Ajin'ler, toplumun büyük bir kısmı tarafından tehdit edici varlıklar olarak görülmektedir ve devlet tarafından yakalanmaları durumunda üzerinde deney yapılması kaçınılmazdır. Kei, sahip olduğu bu güçlerin farkına vardığında bir anda kendini hükümetin ve diğer Ajin avcılarının hedefinde bulur. Herkesin peşinde olduğu bir kaçak olarak kaçmak zorunda kalan Kei, hayatta kalmak için sürekli bir mücadele içinde olur. Bu süreçte, kendi doğasını anlamaya çalışırken, diğer Ajin'lerle de ilişki kurar ve bu tehlikeli dünyada kime güvenebileceğini düşünmek zorundadır. Peşindeki tehditlerden kaçarken, hem kendi insanlığını hem de Ajin kimliğini sorgulamak durumunda kalır. Film, gerilim dolu sahneleri ve sürükleyici hikayesiyle seyirciyi ekrana kilitliyor.