Luke Ellis'in hikayesi, bir gece yarısı evine giren davetsiz misafirler tarafından ebeveynlerinin öldürülmesiyle başlar. Luke, gözlerini açtığında kendisini The Institute adında bir yerde bulur. Bu yer, odasının birebir kopyası gibidir, ancak önemli bir farkla: Penceresi yoktur. Odasının dışına çıktığında, başka kapılar ve bu kapıların arkasında Luke gibi özel yeteneklere sahip, telekinezi ve telepati gibi güçleri olan diğer çocuklar vardır. Luke, kendisi gibi buraya aynı şekilde getirilen bu çocukları tanıdıkça, The Institute'un sırları ve buradaki çocukların hangi amaçla toplandığı hakkında daha fazla bilgi edinir. Film, Luke’un bu gizemli enstitüde hayatta kalma ve buradan kaçma çabasını anlatırken, izleyiciye gerilim dolu anlar yaşatıyor. Olaylar geliştikçe, Luke ve diğer çocuklar arasındaki dostluklar derinleşir ve hepsi birlikte The Institute'un arkasındaki karanlık gerçekleri ortaya çıkarma mücadelesi verirler.