Treadstone projesi, süper casus Jason Bourne'un yaratılmasıyla büyük bir başarı elde ettikten sonra, dikkatini yeni bir protokole çevirmeye karar verir. Bu yeni adımın amacı, durdurulamaz ve üstün yeteneklere sahip süper insan suikastçılar geliştirmektir. Proje, ilk olarak Bourne'un sahip olduğu gelişmiş yetenekleri ve dayanıklılığı inceleyerek işe başlar. Bu analizler sonucu, daha da ileri teknoloji ve biyoteknik yöntemlerle insanları daha üstün hale getirmek için bir dizi deneysel prosedür geliştirirler. Bu yeni protokol, seçkin ve gizli bir grup ajan üzerinde uygulanmaya başlanır. Protokole tabi tutulan ajanlar, fiziksel kapasitelerini artırıcı, zekalarını ve karar verme yetilerini güçlendirici eğitimler ve biyolojik müdahalelerden geçerler. Bu sürecin sonunda, yeni bir tür suikastçı tipi ortaya çıkar: İnsan üstü yetilere sahip, görevlerinde son derece başarılı ve hedeflerini her koşulda saf dışı bırakabilecek güce sahip ajanlar. Bu ajanlar, artık sadece intikam peşinde koşan bireyler olmaktan çıkıp, stratejik hedeflerin gerçekleştirilmesi için kullanılabilecek güçlü araçlar haline gelirler. Treadstone projesinin bu yeni aşaması, var olan etik sorunları da beraberinde getirir. İnsan doğasının sınırlarını zorlayan bu uygulamalar, insanlığın geleceği için ne tür sonuçlar doğuracaktır? Bu yeni tür suikastçıların geliştirilmesi projesi, filmde heyecan verici ve gerilim dolu sahnelerle izleyiciye aktarılır. Jason Bourne'un doğuşuyla başlayan ajan serüveni, bu yeni aşamayla birlikte daha da karmaşık ve ilgi çekici bir hale gelir.