İlk Ultraman serisinden birkaç yıl sonrasını konu alan bu filmde, artık savunma bakanı olan Shin Hayata'nın hikayesine odaklanıyoruz. Hayata, bir zamanlar Ultraman'e nasıl dönüştüğünü ve dünyayı Kaijulardan nasıl kurtardığını hatırlamamakta. Eski Bilim Devriyesi'nden arkadaşı Matsushiro Ide, Hayata'ya hatıralarını geri kazanması için yardım etmeye çalışır. Bu sayede yeni uzaylı tehditlerini ortadan kaldırmak için Bilim Devriyesi'ne destek olabilecektir. Bu sırada, uzaylı Bemular, Hayata'nın oğlu Shinjirou'nun insanüstü güçler sergilemeye başladığını fark eder. Bilim Devriyesi, Shinjirou'ya en gizli silahları olan Ultra takım elbisesini vererek, her şeyi göze alır. Shinjirou, Bemular ile mücadele ederek dünyayı bir kez daha kurtarmak zorundadır. Filmde aksiyon dolu sahnelerin yanında, baba-oğul ilişkisinin derinliklerine de iniliyor. Ayrıca hikaye, insanlığa ve kahramanlığa dair etkileyici temalarla doludur ve izleyicilere derin bir düşünce alanı sunar.