Æon Flux, Monicanlar adlı bir ayaklanmacı grubun emrinde çalışan gizemli bir suikastçıdır. Hükümeti devirmeye çalışan bu grubun ana unsurlarından olan Æon, göz kamaştıran cesareti ve dikkat çekici yetenekleriyle herkesin ilgisini çeker. Görevleri içerisinde en dikkat çekeni ise, hükümetin başındaki kişi olan Başkan'ı öldürmek üzere gönderilmesidir. Fakat bu, her zamankinden çok daha karmaşık ve gizem dolu bir durumdur. Bu görev sırasında Æon, beklenmedik bir hazinenin kapısını aralar. Başkan'ı öldürme görevinin ardındaki perde kalktıkça, çok daha büyük bir sır ile karşılaşır. Bu, sadece hükümetin kontrolünde olan bir ülkenin değil, aynı zamanda kendisinin ve ona verilen görevlerin de kökenine dair derin bir gizemdir. Filmin ilerleyen sahnelerinde, bir yandan hükümeti devirme planları işlerken, bir yandan da bu gizemi çözme görevi ile karşı karşıya kalırız. Æon Flux ve ekibinin karşılaşacağı engeller, onların bu karmaşık döngüden sıyrılmalarını zorlaştırır. Üstelik her adım attıklarında, sadece hükümetin karanlık sırlarını değil, aynı zamanda birbirlerine ve kendilerine dair gerçekleri de öğrenirler. Bu film, bir yandan politik gerilim ve aksiyonu harmanlarken, diğer yandan da karakterlerin derinliklerine inmeyi başarıyor. Sürükleyici hikayesi ve estetik görselleri ile Æon Flux, izleyiciyi ekran başına kilitlemeyi başarıyor. Bu, izleyicilere sadece bir aksiyon filminden çok daha fazlasını sunan bir yapıt. Her sahnenin ardında gizlenmiş bir anlam, her diyalogda açığa çıkan bir gerçek var. Bu yüzden her izleyici, bu filmi farklı bir bakış açısıyla ve kendi perspektifinden yorumlayacak.