İkinci Dünya Savaşı'nın en karanlık günlerinde, Kobe şehrinin yoğun bombardımanı sırasında annelerinden ayrılan 14 yaşındaki Seita ve 4 yaşındaki küçük kardeşi Setsuko, yanan şehrin yıkıntıları arasında yiyecek arayarak hayatta kalmaya çalışırlar. Babaları Japon İmparatorluk Donanması'nda hizmet verirken, onları yanına alan uzak akrabaları ise yalnızca kendi ailesinin hayatta kalmasıyla ilgilenmektedir. Bu zorlu koşullarda Seita ve Setsuko'nun kendi başlarının çaresine bakmaktan başka seçenekleri yoktur. Çünkü savaşın izlerini taşıyan ülkede barınak ve yiyecek bulmak oldukça zordur. Ancak, hayat her şeye rağmen devam etmek zorundadır. İki kardeşin bu zorlu mücadelesi, hayatta kalma içgüdüsüyle birleşerek duygusal bir hikayeye dönüşür. Setsuko'nun masumiyetini ve Seita'nın çaresizliğini gözler önüne seren bu film, izleyicilere savaşın bireyler üzerindeki yıkıcı etkisini düşündürtecek nitelikte. Ateşböceklerinin neden bu kadar erken öldüğünü sorgulayan bu dokunaklı hikaye, savaşın acımasız gerçeklerini ve masumiyetin kaybını gözler önüne seriyor.