1938 yılında, babası Kutsal Kase'yi ararken kaybolan Indiana Jones, Nazi güçlerine karşı tekrar savaşmak zorunda kalır. Bu sefer amacı, onların Kase'nin güçlerine ulaşmasını engellemektir. Babasının kaybolması, Indiana üzerinde derin bir etki bırakmıştır. Babasının hayatına kutsal bir eşya peşinde koşarken son verdiğini öğrenmek, Indiana'yı hem yıkılmış hem de intikam duygusuyla dolu bir halde bırakır. Indiana, babasının izinden gitmeye ve ona ne olduğunu bulup çözmeye kararlıdır. Ancak Nazi güçleri bu sırada Kutsal Kase'nin güçlerini ele geçirmek için ellerinden geleni yapmaktadır. Indiana, babasının gittiği son yer olan Venedik'e gider ve Nazi ajanlarıyla dolu bir dünyayla karşılaşır. Ancak o, bu tehlikeli maceraya yalnız gitmeyecektir. Eski bir aşkı olan Dr. Elsa Schneider ve arkadaşı Marcus Brody de ona katılır. Bir arayışın içine düşen Indiana Jones, bu sefer iki önemli amaca ulaşmak zorundadır: Babasını bulmak ve Kutsal Kase'yi Nazi güçlerinin elinden korumak. Nazi güçlerinin Kase'nin içinde saklı olduğuna inandığı mistik güçlerin peşine düşen Indiana, hem macera hem de tehlike dolu bir yolculuğa atılır. Bu yolculuk boyunca Indiana, Nazilerle mücadele etmek zorunda kalırken aynı zamanda babasıyla olan ilişkisini de tamir etmek için bir fırsat bulur. Hem babasını kurtarmak hem de dünyayı Nazi zulmünden korumak için büyük bir savaşa girişir. Sonunda, Indiana Jones ve arkadaşları, Kutsal Kase'nin güçlerini Nazi'lere kaptırmadan önce onları durdurmayı başarır. Bu büyülü eşyanın gücü, doğru ellerde kullanıldığında insanlığa büyük faydalar sağlayabileceğini gösterir. Kutsal Kase'nin peşindeki bu macera dolu hikaye, Indiana Jones'un cesaretini, zekasını ve dayanıklılığını bir kez daha ortaya koyar. Tüm zorluklara rağmen, Indiana'nın kalbindeki adalet duygusu ve sevdiklerine olan bağlılığı, onu her zaman zaferin yoluna yönlendirir.