Jimmy Neutron, dördüncü sınıfa giden bir dahi çocuktur. Dünyada kendisine bir yer bulmakta zorlanan Jimmy, yaptığı yaramazlıklar nedeniyle sık sık ailesi tarafından cezalandırılır. Bir gün Jimmy ve arkadaşları, büyük bir tema parkının açılışına gizlice gitmeye karar verir. O gece, Jimmy ve arkadaşları ailelerinin ortadan kaybolmasını dilerler. Gözleri gibi sevdikleri çocuklarıyla ilgili bu dilek gerçekleşir ve sonunda anne babaları olmadan yeni buldukları özgürlüğün tadını çıkarmaya başlarlar. Ancak, kısa bir süre sonra Jimmy ve arkadaşları, ailelerini özlemeye başlarlar. Çok geçmeden, anne ve babalarının uzaylılar tarafından kaçırıldığını öğrenirler. Poultra adında tehlikeli bir varlığın ellerine düşen ebeveynlerini kurtarmak için cesur bir kurtarma operasyonu başlatırlar. Bu macera sırasında Jimmy, ailesinin onun için yaptığı her şeyin kıymetini anlar ve arkadaşları ile ailesine gerçekten bağlı olmanın anlamını öğrenir. Film, Jimmy ve arkadaşlarının hem eğlenceli hem de duygusal serüvenini anlatırken izleyicilere değerli mesajlar sunar. Jimmy Neutron ve arkadaşlarının yaşadığı bu heyecan dolu macera, izleyicileri hem güldürecek hem de düşündürecek anlarla dolu.