1994 yılında ikinci dünya savaşında savaşan iki savaş pilotu, Amerikan pilot Hank Marlow ve Japon pilot Gunpei Ikari, bir hava savaşı esnasında savaşlarının devasa bir maymun tarafından bölünmesi üzerine Güney Pasifik’de bulunan adaya paraşütle iniş yaparlar. 1973 yılında Monarch adındaki Amerikan devlet organizasyonunun yöneticisi olan Bill Randa, Kafatası Adası’nda yeni keşfedilmiş tarih öncesi yaşam formlarını araştırmak için bir sefer düzenler. Sefere katılmaları için Amerikan ordusu mensubu Yarbay Preston Packard’ın liderliğini ettiği bir askeri birimi, iz sürücü ve eski bir İngiliz özel hava kuvvetleri kaptanı olan James Conrad’ı ve savaş karşıtı fotoğrafçı olan Mason Weaver’i işe alır. Adaya vardıklarında Packard’ın askerleri sismik patlayıcılar yaratmaya başlar. Bunun üzerine askeri birim devasa bir maymun tarafından saldırıya uğrar.