Astımlı 12 yaşındaki Anna'nın sağlık sorunları sebebiyle, Japon kırsalındaki koruyucusunun akrabalarının yanında kalması gerekmektedir. Anna'nın iç dünyası, oldukça sakin ve yalnızlığı seven biri olarak gözükse de çizim yapmayı çok sever. Bu sakinlik, Marnie ile tanışana dek devam eder. Marnie, Anna'nın sıra dışı ve esrarengiz yeni arkadaşıdır. Marnie'nin çarpıcı sarı saçları ve gizemli halleri, Anna'nın ilgisini çeker ve kısa sürede iyi arkadaş olurlar. Peki, bu gizem dolu, sarı saçlı Marnie kimdir? Anna, Marnie'yi daha çok tanıdıkça, onun hakkında tüm bu soruların cevaplarını aramaya başlar. Tabii ki bu süreçte, bildiği tüm gerçeklerin sorgulanması gerektiğini de anlar. Film, izleyicilerine Anna ve Marnie'nin bu gizemli hikayesini izlerken kendilerini sorgulama ve araştırma imkanı sunuyor. İzleyici, karakterlerin hayatlarına adım adım dahil olurken, aynı zamanda onların da gelişim süreçlerine tanık olur.