Saygın bir yazılım şirketinde bilgisayar programcısı olarak çalışan Thomas Anderson, yetenekli bir bilgisayar korsanıdır. Thomas, işinden arta kalan zamanında, Matrix adı verilen dijital evrende gezinmektedir. Thomas, kötü niyetli ve tehlikeli kişiler tarafından sorguya çekilir. Thomas, Trinity ve Morpheus’la tanışır. Bu sayede Thomas, sürekli araştırdığı Matrix evrenine giriş yapar. Burada Thomas, yaşadıkları dünyaya ait karanlık sırları keşfedecektir. Thomas, yani Neo, Matrix’te gezinmeye devam ettikçe, gerçek düşmanın kim olduğunu ve asıl amacının ne olduğunu kavramaya başlar. Bu sırada Neo, Trinity’ye karşı gizleyemeyeceği duygular beslemeye başlar. Morpheus ise yıllardır beklenilen, kurtarıcı kişinin Neo olduğunu düşünmektedir.