Thomas Anderson bu filmde iki farklı boyut arasında seçim yapmak zorunda kalacaktır. Bu iki farklı boyut tahmin edebileceğiniz gibi, birincisinde sıradan olarak yaşadığı günlük hayatı kapsamaktadır. İkinci boyut ise neredeyse tamamen soyut olan öbür dünyaya ait bir gerçekliktir. Thomas bu iki gerçeklik, yani iki farklı hayat arasında bir seçim yapmak zorundadır. Ancak yapacağı seçim aslında bir yanılsamadan ibarettir. Bu yüzden bu ikilemden ister istemez kurtulmak zorunda kalacaktır. Çünkü Matrix'ten geçebilmesinin tek yolu budur. Zaten Matrix'te hayat buradakilerden kat be kat daha zordur. Peki ya Thomas Anderson bu zorlu yolları aşıp hedefine ulaşmanın bir yolunu bulabilecek midir? Yoksa iki farklı boyuttan birinin içine hapsolup geri kalan yıllarını burada geçirmek zorunda mı kalacaktır? İki gerçeklik arasında zaman algılarımızla oynayan bu film heyecan dolu bir fantastik hikâye sunuyor.