Çocukluk arkadaşlarından April O'Neil'in antik bir asada büyülü güçler keşfettiği anda, kaplumbağalar 17. yüzyıl Japonya'sına geri dönerek onu Lord Norinaga'nın kötü pençelerinden kurtarmak için bir maceraya atılmak zorunda kalıyor. Fakat işler hiç de sandıkları kadar kolay olmayacak. Sihirli asa sayesinde zamanın ötesine geçme yeteneğine sahip olan bu kahraman kaplumbağalar, bir yandan O’Neil’i kurtarmaya çalışırken bir yandan da tarihteki yerlerini korumak için yoğun bir mücadele veriyorlar. Antik Japonya'nın zorlu koşullarında hayatta kalmanın yollarını bulmaları gereken kaplumbağalar, aynı zamanda hiç bilmedikleri bir topluma ayak uydurmak zorunda kalıyorlar. Norinaga'nın hain planlarını durdurmak, kendi dönemlerine geri dönebilmek ve friendlerini kurtarmak için bir dizi meydan okumayı başarıyla tamamlamaları gerekiyor. Bir kez daha dış dünya ile mücadele etmek ve hayatta kalmak için zekalarını ve arkadaşlarını kullanmaları gerekiyor. Bu film, kaplumbağaların 17. yüzyıl Japonya’sında gelişen maceralarını oldukça başarılı bir şekilde izleyiciye aktarıyor. Sezgileri ve son derece ilgi çekici kişilikleri ile neredeyse imkansız bir görevi yerine getirmeye çalışan kaplumbağaların hikayesi, sinemaseverlerin kalbini kazanmayı başarıyor. Hayranlarını hayal kırıklığına uğratmayan bu hikaye, kahramanlarımızın bir kez daha ne kadar üstün bir takım olduklarını gösteriyor.