Bir araştırmacı Doktor Elizabeth Shaw ve onun partneri olan Charlie Holloway, zayıf izlerin ardından giderek, on yedi kişilik bir ekip ile cesur bir derin uzay bilimsel keşif görevine başlarlar. Devrim niteliğindeki uzay keşif gemisi USCSS Prometheus'a binen ekip, 2093 yılında, "Mühendisler" olarak bilinen üstün uzaylı türünün varlığını araştırmak üzere terk edilmiş bir exo-ay olan LV-223'ün kayalık yüzeyine ayak basar. Ancak orada, gizemli, karmaşık odaların ve karmaşık yeraltı tünellerinin olduğu bir yapı içinde daha fazla sır onları beklemektedir. Şimdi korkunç bir keşif, insanlığın geleceğini tehdit etmektedir.