Kamu Güvenliği Bürosu'nun Baş Müfettişi olarak bir toplantıya katılan Akane Tsunemori, yabancı bir gemide bir olay meydana geldiğine dair bir rapor alır. Akane ve konferansta bulunan Sağlık ve Refah Bakanlığı İstatistik Bölümü Başkanı Atsushi Shindo hızla olay yerine giderler. Ancak nedense, soruşturma yetkisi Dışişleri Bakanlığı'nın Yurt Dışı Koordinasyon Bürosu Eylem Bölümü'ne devredilir. Gemide, toplantıya davetli olarak katılan Dr. Milicia Stronskaya'nın cesedi bulunur. Olayın arkasında, uzun süredir Eylem Bölümü tarafından takip edilen "Barış Kırıcıları" adlı bir grup vardır. Suç Araştırma Departmanı'nın 1. Bölümü, olayın Dr. Stronskaya'nın geliştirdiği ve "Stronskaya Belgesi" olarak bilinen araştırmayı hedef alan "Barış Kırıcılar" tarafından gerçekleştirdiğini öğrenir ve Davranış Araştırma Departmanı ile ortak bir soruşturma ekibi kurar. Bu süreçte, daha önce Kamu Güvenliği Bürosu'ndan firar eden Shinya Kogami ile karşılaşırlar. Ekibin, Dr. Stronskaya'nın son iletişim kurduğu kişi olan Joji Saiga ile işbirliği yaparak belgeyi elde etmek için Dejima'ya gitmesi gerekmektedir. Akane ve Kogami, "Stronskaya Belgesi" etrafında dönen ve beklenenden daha büyük bir vaka ile yüzleşirler. Japon hükümetini ve Sibyl Sistemi'ni sarsacak bir gerçek gizlidir. Bu film, izleyiciyi karmaşık bir komplo ve gerilim dolu bir maceraya sürüklerken, Akane ve Kogami'nin gerçeği ortaya çıkarma çabalarını detaylı bir şekilde ele alıyor. Yolculuklarının her anında nefes kesici olaylara tanık olacak ve gerilimi iliklerinize kadar hissedeceksiniz.