Dört sıradan evcil kaplumbağa olan Leonardo, Raphael, Michelangelo ve Donatello, garip bir uzaylı sıvısıyla temas eder ve bu olağan dışı karşılaşma onları konuşan, yürüyen, dövüşen yeşil makinelere dönüştürür! Bu kardeşler, efsanevi sensei fare Splinter ile birlikte Ninjitsu dövüş sanatında ustalaşmak için eğitilirler. Gerçek anlamda kaplumbağa enerjisiyle dolu bu hikayede, bir boyuttaki kaplumbağalar, yanlışlıkla gerçekleşen bir ışınlanma kazası sonucu başka bir boyuttaki kaplumbağalarla karşılaşırlar. Ne olup bittiğine anlam vermeye çalışırken, kaplumbağalar bu karmaşayı çözmek için Technodrome'u bulmak zorundadır. Bu sırada Shredder, kendi evreninden olan benzeri Ch'rell'i bulur ve kaplumbağalardan sonsuza dek kurtulmak için baş evrene geri dönmeyi amaçlayan sinsi bir plan hazırlar. Dünyalar çarpışırken, kaplumbağalar Casey ve April gibi klasik karakterlerle ve Krang, Hun, Foot Soldiers, Purple Dragons, Bebop ve Rocksteady gibi birçok düşmanla yüz yüze gelir. Bu film, aksiyon dolu sahneleri ve renkli karakterleriyle izleyicilere sürükleyici bir macera vaat ediyor.