Kaptan Kirk'in eski bir düşmanı olan Khan Noonien Singh'in yaşam yaratıcı Genesis Cihazı'nı son silah olarak kullanmasını engellemek için Enterprise mürettebatının yardımıyla Amiral Kirk'in yardıma ihtiyacı vardır. Hikaye, Star Trek II: Khan'ın Gazabı filminde yer alır. Bu filmde, Khan, Kirk'e öfkelidir ve intikam almak için Genesis Cihazı'nın gücünü kullanmaya karar verir. Genesis Cihazı, yaşam yaratma yeteneğine sahip olan ve ölü bir gezegeni canlandırabilen bir teknolojidir. Khan, bu cihazı kullanarak galaksinin kontrolünü ele geçirmeyi hedeflemektedir. Amiral Kirk ve mürettebatı, Khan'ın amacını engellemek için harekete geçer. Kirk'in en büyük avantajı, Khan ile olan kişisel geçmişidir. Daha önce karşı karşıya gelmiş olan bu iki düşman arasında sürdürülen rekabet, filmin gerilimini arttırır. Filmin ilerleyen bölümlerinde, Kirk ve Khan arasındaki savaş iyice kızışır. İkisi de birbirlerini alt etmek için taktikler geliştirir ve uzay gemileri arasında büyük bir çatışma yaşanır. Bu çatışmalar, Seyahat Cebi adı verilen bir bölgede doruğa ulaşır. Sonunda, Kirk ve mürettebatı Khan'ı durdurmayı başarır ve Genesis Cihazı'nın kontrolünü ele geçirirler. Bu, Khan'ın galaksiye olan tehlikesini sona erdirir ve Kirk ve mürettebatı için bir zafer olur. Bu hikaye, Star Trek evreninin daha geniş yaratımının bir parçasıdır. Kirk'in mürettebatıyla birlikte yaşadığı maceralar, tüm Star Trek serilerinin üzerine inşa edilen bir geleneği temsil eder. Kirk'in liderlik becerileri ve mürettebatının sadakati, Star Trek hayranları tarafından hayranlıkla izlenen temel unsurlardır. Genel olarak, Star Trek II: Khan'ın Gazabı, gerilim dolu bir hikaye anlatırken aynı zamanda dostluk, liderlik ve insanlığın değerleri gibi evrensel temaları da işler. Filmin başarısı, oyuncuların performansı ve yönetmen Nicholas Meyer'in yeteneği sayesinde gelmiştir.